Pericú (habitaban desde los cabos hasta el centro de la península), Guaycura (habitaban centro de la península) , Cochimí (habitaban el norte de la península) y los Yumanos (provenientes del sur de USA, también habitaban el norte de la península)
Al llegar la cultura occidental a la península, el equilibrio que estos grupos habían mantenido durante tanto tiempo con la naturaleza de la árida península, se vió afectada muy seriamente desestabilizando su forma de vida.
Se calcula que su número ascendía a alrededor de 50 mil personas. Los tres primeros troncos se extinguieron desde el siglo pasado como consecuencia de la imposición del sistema misional que se oponía a la tradición seminómada de estos grupos.
Los yumanos es el único tronco indígenas que aun sobrevive. Estos indígenas yumanos habitaban en el extremo norte de la península, principalmente donde ahora es el municipio de Ensenada. Lograron sobrevivir hasta nuestros días, gracias a que opusieron una tenaz resistencia a la penetración misional y nunca fueron sometidos del todo.
De los grupos yumanos sobreviven hasta hoy los pai-pai, los kumiai, los kiliwa y los cucapá, todos muy marginados. La etnia indígena que ahora está en peligro de extinción es la de los kiliwa.
A la llegada de los misioneros, los indígenas Kumiai, pai pai, kiliwa y cochimí fueron congregados en rancherías aledañas a las misiones. Únicamente los cucapá se mantuvieron libres, debido a que en su región no se estableció ninguna casa de religiosos.
La imposición de una cultura ajena inició el proceso de aculturación de los aborígenes, el cual se acentuó con la llegada de los otros extranjeros y mexicanos.
En la actualidad, los grupos indígenas viven en asentamientos enclavados en los terrenos que se les han concedido legalmente, y aunque por lo general se trata de áreas cerriles, de agostadero y pedregosas, eso les permite tener los mínimos recursos de subsitencia y un espacio geográfico que les pertenece.